Según su filosofía educativa calasancia, el Colegio cuenta con un programa de Pastoral dirigido por los padres escolapios y un equipo de pastoral en el cual colaboran maestros, padres y estudiantes.
- El equipo de pastoral del Colegio coordina las actividades religiosas y espirituales de los estudiantes, padres y maestros, entre las cuales destacan retiros, convivencias, charlas, la semana de San José de Calasanz, la semana de las vocaciones, las celebraciones litúrgicas a lo largo del año y otras actividades pastorales.
- Aparte de la formación religiosa de los estudiantes en las clases de religión, el Colegio provee la oportunidad para que los estudiantes profundicen su vida litúrgica y sacramental, ofreciendo la posibilidad de acercarse a los sacramentos de iniciación cristiana, la Primera Comunión, así como la confesión frecuente y la participación mensual de cada grupo en la eucaristía. Los estudiantes que no han sido bautizados y aquellos que no han hecho su Primera Comunión pueden pedir estos sacramentos y ser preparados debidamente para recibirlos.
- Los estudiantes, padres y maestros tienen la oportunidad de recibir acompañamiento o dirección espiritual de parte del director de pastoral o de los demás padres escolapios.
- Siguiendo la tradición escolapia que nos viene desde San José de Calasanz, quien aceptaba niños protestantes, judíos y musulmanes en sus Escuelas, el Colegio respeta las creencias religiosas de los estudiantes no católicos. Espera de éstos respeto hacia la identidad católica de la escuela y les motiva a crecer en valores de convivencia social y tolerancia entre las religiones, con su presencia respetuosa en los actos religiosos del Colegio.